Marzo de 1865. En los Estados Unidos, durante la Guerra Civil, cinco temerarios norteños huyen de un globo desde los sureños de Richmond. Una terrible tormenta arroja a cuatro de ellos a la orilla de una isla deshabitada en el hemisferio sur. El quinto hombre y su perro se esconden en el mar frente a la costa. Este quinto, cierto Cyres Smith, un ingeniero y científico talentoso, alma y líder de un destacamento de viajeros, sin saberlo mantiene a sus compañeros en tensión durante varios días, que en ninguna parte pueden encontrarlo a él o al perro Top dedicado a él. El antiguo esclavo sufre más que nada, y ahora el leal servidor de Smith es el negro Nab. En el globo también había un periodista de guerra y amigo de Smith, Gideon Spilet, una persona muy enérgica y decisiva con una mente hirviente; marinero Pencrof, un temerario afable y aventurero; Harbert Brown, de quince años, hijo del capitán del barco en el que navegaba Pencrof, quedó huérfano y a quien el marinero trata como a su propio hijo. Después de una búsqueda agotadora, Nab finalmente encuentra a su anfitrión inexplicablemente salvado, a una milla de la costa. Cada uno de los nuevos colonos de la isla tiene talentos insustituibles, y bajo el liderazgo de Cyres y Spilet, estas personas valientes se unen y se convierten en un equipo unido. Primero, utilizando los medios más simples disponibles, y luego produciendo objetos de trabajo y artículos para el hogar cada vez más complejos en sus pequeñas fábricas, los colonos equipan sus vidas. Cazan, recolectan plantas comestibles, ostras y luego incluso crían animales domésticos y se dedican a la agricultura. Arreglan viviendas para ellos en lo alto de la roca, en una cueva libre de agua. Pronto, gracias a su arduo trabajo e inteligencia, los colonos ya no saben la necesidad de comida, ropa, calor y comodidad. Tienen todo excepto noticias de su tierra natal, cuyo destino les preocupa mucho.
Una vez, volviendo a su vivienda, llamada por ellos el Palacio de Granito, ven que los monos están mandando dentro. Después de un tiempo, como bajo la influencia del miedo loco, los monos comienzan a saltar por las ventanas, y la mano de alguien tira la escalera de cuerda que los monos levantaron en la casa. En el interior, la gente encuentra otro mono, un orangután, que mantienen y llaman tío Jupe. En el futuro, Jupe se convierte en un amigo, servidor y ayuda indispensable para las personas.
Otro día, los colonos encuentran en la arena una caja con herramientas, armas de fuego, diversos electrodomésticos, ropa, utensilios de cocina y libros en inglés. Los colonos se preguntan de dónde podría venir esta caja. En el mapa, que también apareció en el cuadro, encuentran que al lado de su isla, en el mapa no marcado, se encuentra la isla de Tabor. El marinero Pencrof está ansioso por ir a él. Con la ayuda de sus amigos, construye un bot. Cuando el bot está listo, todos juntos lo hacen para un viaje de prueba por la isla. Durante el mismo, encuentran una botella con una nota que dice que el náufrago está esperando la salvación en la isla de Tabor. Este evento fortalece la confianza de Pencroff en visitar una isla vecina. Pencrof, el periodista Gideon Spilet y Harbert zarparon. Al llegar a Tabor, descubren una pequeña choza donde, según todos los indicios, nadie ha estado viviendo durante mucho tiempo. Se dispersan por la isla, sin esperar ver a una persona viva, y tratan de encontrar al menos sus restos. De repente escuchan a Harbert gritar y correr en su ayuda. Ven a Harbert luchando con algún tipo de criatura de mono. Sin embargo, el mono resulta ser un hombre salvaje. Los viajeros lo atan y lo transportan a su isla. Le dan una habitación separada en el Palacio de Granito. Gracias a su atención y preocupaciones, el salvaje pronto se convierte en un hombre civilizado y les cuenta su historia. Resulta que su nombre es Ayrton, es un ex criminal, quería tomar posesión del velero Duncan y con la ayuda de los mismos restos de la sociedad se convirtió en un barco pirata. Sin embargo, sus planes no estaban destinados a hacerse realidad, y como castigo hace doce años lo dejaron en la isla deshabitada de Tabor, para que se diera cuenta de su acto y expiara su pecado. Sin embargo, el dueño del "Duncan" Eduard Glenarvan dijo que algún día regresaría por Ayrton. Los colonos ven que Ayrton se arrepiente sinceramente de sus pecados pasados, y trata de serles útil en todos los sentidos. Por lo tanto, no están inclinados a juzgarlo por mala conducta pasada y aceptarlo voluntariamente en su sociedad. Sin embargo, Ayrton necesita tiempo y, por lo tanto, pide la oportunidad de vivir en el coral que los colonos construyeron para sus animales domésticos a cierta distancia del Palacio de Granito.
Cuando el robot regresó a la tormenta desde la isla de Tabor por la noche, fue salvado por una hoguera que, como pensaban, flotando sobre ella, fue encendida por sus amigos. Sin embargo, resulta que no estuvieron involucrados en esto. También resulta que Ayrton no arrojó una botella de nota al mar. Los colonos no pueden explicar estos misteriosos eventos. Están cada vez más inclinados a la idea de que, además de ellos, en la isla de Lincoln, como lo bautizaron, hay alguien más, su misterioso benefactor, que a menudo viene en su ayuda en las situaciones más difíciles. Incluso se embarcan en una expedición de búsqueda con la esperanza de localizar su lugar de residencia. Sin embargo, la búsqueda termina en vano.
El próximo verano (desde el momento en que Ayrton apareció en su isla, y antes de contarles su historia, ya han pasado cinco meses y el verano ha terminado, y es peligroso navegar en la temporada de frío), deciden volver a Islas Tabor para dejar una nota en la cabaña. En la nota, tienen la intención de advertir al Capitán Glenarvan si regresa que Ayrton y otras cinco víctimas destrozadas están esperando ayuda en una isla vecina.
Los colonos han estado viviendo en su isla durante tres años. Su vida, su economía alcanzó la prosperidad. Ya están cosechando ricas cosechas de trigo de un solo grano, que se encontró en el bolsillo de Harbert hace tres años, construyeron un molino, criaron aves de corral, equiparon completamente su vivienda, se hicieron nuevas prendas de abrigo y mantas para ellos mismos con lana de muflón. Sin embargo, su vida pacífica se ve ensombrecida por un incidente que los amenaza con la muerte. Una vez, mirando al mar, ven un barco bien equipado en la distancia, pero una bandera negra ondea sobre el barco. El barco se ancla frente a la costa. Muestra hermosas armas de largo alcance. Ayrton se cuela en el barco al amparo de la noche para llevar a cabo el reconocimiento. Resulta que hay cincuenta piratas en el barco. Milagrosamente escapándose de ellos, Ayrton regresa a la orilla e informa a sus amigos que necesitan prepararse para la batalla. A la mañana siguiente, dos barcos descienden del barco. En el primero, los colonos disparan a tres, y ella regresa, el segundo aterriza en la playa y los seis piratas restantes en su escondite en el bosque. Los cañones se queman del barco y se acerca aún más a la orilla. Parece que nada tiene el poder de salvar a un puñado de colonos. De repente, una gran ola surge debajo de la nave, y se hunde. Todos los piratas en él mueren. Como resultó más tarde, el barco fue volado por una mina, y este evento finalmente convence a los habitantes de la isla de que no están solos aquí.
Al principio, no van a exterminar a los piratas, queriendo darles la oportunidad de llevar una vida pacífica. Pero resulta que los ladrones no son capaces de esto. Comienzan a robar y quemar los hogares de los colonos. Ayrton va al coral para visitar a los animales. Los piratas lo agarran y lo llevan a una cueva, donde quieren torturarlo para obtener el consentimiento para ir a su lado. Ayrton no se rinde. Sus amigos acuden en su ayuda, pero están gravemente heridos en el coral de Harbert, y sus amigos permanecen en él, incapaces de volver con el joven que se estaba muriendo. Después de unos días, todavía se van al Palacio de Granito. Como resultado de la transición, Harbert comienza una fiebre maligna, está muerto. Una vez más, la providencia interviene en sus vidas y la mano de su buen amigo misterioso les arroja la medicina necesaria. Harbert se está recuperando por completo. Los colonos tienen la intención de dar el golpe final a los piratas. Van al coral, donde tienen la intención de encontrarlos, pero encuentran a Ayrton, que está exhausto y apenas vivo, y cerca, los cadáveres de los ladrones. Ayrton informa que no sabe cómo terminó en el coral, que lo sacó de la cueva y mató a los piratas. Sin embargo, informa una triste noticia. Hace una semana, los bandidos se fueron al mar, pero, al no poder controlar el bot, lo rompieron en los arrecifes costeros. El viaje a Tabor debe posponerse hasta la construcción de un nuevo vehículo. Durante los siguientes siete meses, el misterioso desconocido no se hace sentir. Mientras tanto, un volcán se despierta en la isla, que los colonos pensaban que ya estaba muerto. Están construyendo un nuevo barco grande que, de ser necesario, podría llevarlos a tierra habitada.
Una tarde, ya preparándose para acostarse, los habitantes del Palacio de Granito oyen una campana. El telégrafo que gastaron desde el coral hasta su hogar está funcionando. Son llamados urgentemente al coral. Allí encuentran una nota pidiéndoles que vayan por el cable extra. El cable los lleva a una gran gruta donde, para su sorpresa, ven un submarino. En él, se familiarizan con su maestro y su patrón, el capitán Nemo, el príncipe indio Dakkar, que ha estado luchando por la independencia de su tierra natal toda su vida. Él, ya un hombre de sesenta años que enterró a todos sus asociados, está cerca de la muerte. Nemo le da a los nuevos amigos un cofre con joyas y advierte que cuando el volcán haga erupción, la isla (tal es su estructura) explotará. Él muere, los colonos suben las escotillas del bote y lo bajan bajo el agua, y construyen el nuevo barco incansablemente todo el día. Sin embargo, no tienen tiempo para terminarlo. Toda la vida perece durante la explosión de la isla, de la que solo queda un pequeño arrecife en el océano. Los colonos, que pasaron la noche en una tienda de campaña en la orilla, son arrojados al mar por una ola de aire. Todos ellos, con la excepción de Jupe, permanecen vivos. Durante más de diez días han estado sentados en el arrecife, casi muriendo de hambre y ya no esperan nada. De repente ven un barco. Este es Duncan. Él salva a todos. Como resultó más tarde, el Capitán Nemo, cuando el robot aún estaba intacto, flotó sobre él hasta Tabor y dejó una nota a los rescatadores.
Al regresar a América por las joyas donadas por el Capitán Nemo, los amigos compran un gran terreno y viven en él de la misma manera que vivían en la Isla Lincoln.
